在孵化鱼苗时，常用以下几种药物进行消毒：
首先是高锰酸钾。这是一种强氧化剂，一般使用浓度为10 - 20毫克/升，浸浴鱼苗15 - 30分钟左右。它可以有效杀灭鱼体表面的细菌、真菌和部分寄生虫。例如，在草鱼鱼苗孵化后，用适量的高锰酸钾溶液浸泡，能够预防水霉病的发生。不过，使用时要精确控制浓度和浸泡时间，因为浓度过高或时间过长会对鱼苗造成伤害。
其次是食盐。它是一种相对安全的消毒剂，使用浓度为2% - 4%，浸浴鱼苗5 - 15分钟。食盐能改变病原体的渗透压，使其脱水死亡，主要用于预防和治疗一些细菌性疾病。像鲫鱼鱼苗在孵化阶段，用食盐溶液消毒可以抑制有害细菌滋生。
还有聚维酮碘。聚维酮碘的杀菌谱广，对病毒、细菌、真菌都有良好的杀灭作用。使用浓度一般为10 - 30毫克/升，浸浴鱼苗10 - 20分钟。在鳜鱼鱼苗孵化过程中，聚维酮碘能有效减少病原体感染几率，同时对鱼苗的刺激性相对较小。
在使用这些药物消毒时，一定要严格按照说明书操作，同时注意观察鱼苗的状态，确保消毒过程安全有效。
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